Xã Nam Lĩnh nằm về phía Đông của huyện Nam Đàn, cách thị trấn Nam Đàn 6km, dọc theo Quốc lộ 46. Là một xã vùng bán sơn địa có nhiều đồi núi, địa hình chia cắt mạnh, độ dốc lớn do chia cắt bởi những khe suối; có những vùng đồng bằng phù sa xen kẽ rộng, hệ thống sông, kênh mương tương đối nhiều. Nhìn tổng thể địa hình Nam Lĩnh là giao điểm giữa khu vực vùng núi cao phía tây với vùng chiêm trũng của huyện Nam Đàn, trong đó tính chất địa hình miền núi chiếm ưu thế rõ rệt.

Cũng như các xã bán sơn địa của huyện Nam Đàn, địa hình xã Nam Lĩnh có độ dốc khá lớn, bị chia cắt với những dãy đồi núi nhỏ phân bố ở phía Bắc; phía tây xen lẫn giữa các khu dân cư là các đồng bằng, và dòng sông chợ đào; dưới chân núi là những vùng đất bồi rộng tương đối bằng phẳng, thuận lợi cho việc sản xuất nông nghiệp đặc biệt là việc trồng lúa nước.

Nhìn chung địa hình xã Nam Lĩnh có thể chia làm hai vùng tiêu biểu.

+ Vùng núi cao nằm ở phía bắc và Đông Bắc, đất chủ yếu là dốc tụ, đất Feralit, thích hợp cho việc trồng các loại cây công nghiệp ngắn và dài ngày.

+ Vùng đất thấp là kết quả của quá trình khai hoang, cải tạo lâu dài, vùng đất này tập trung chủ yếu ở phía  Đông và Tây nam gồm các bàu lẫm và các vùng đất có cương vực khá rộng, bằng phẳng thuận lợi cho việc trồng lúa nước và một số loại cây lương thực ngắn ngày như: Khoai, Ngô, Sắn…